Эта история рассказывает о Джо Логане, простом американце, чья обыденная жизнь внезапно превратилась в увлекательное приключение после его участия в секретной программе ниндзя. Стремясь найти своё истинное предназначение, Логан осознал, что путь шиноби больше не приносит ему удовлетворения, и решил вернуться на родину. Однако его возвращение оказалось опасным: его гоняли члены клана, и поэтому ему пришлось изменить свою внешность, образ жизни и даже профессию.
Теперь он обычный фермер, живущий в уединении со своей небольшой семьей. В то же время сам клан, который обучил Логана и его товарищей, оказался в состоянии тревоги: утечка секретных ниндзя-техник угрожает их существованию. Их задача становится очевидной – прекратить утечку любыми средствами, даже если это потребует устранения беглецов физически. Несмотря на принятые меры безопасности, Логан и его семья оказываются под угрозой, и жестокие ниндзя убивают его жену и сына. Однако сам Логан чудом остаётся в живых, и его сердце наполняется жаждой мести.